1.保健食品法律法规不健全，
严厉打击违法生产销售行为缺少法律依据，目前《食品安全法》及其实施条例已经颁布实施，仅明确了食品药品监督管理部门对保健食品实施严格监管，对保健食品品种管理、生产流通环节的监管没有明确规定，《保健食品监督管理条例》尚未出台，保健食品监管缺乏法律依据，影响了保健食品生产经营和监管工作的开展。
2.非法添加违禁物品情况时有发生
一些企业为突出产品的功能效果，擅自在保健食品中添加违禁物品，如在减肥类产品中非法添加麻黄素；在抗疲劳产品中非法添加枸橼西地那非；在促生长发育类产品中非法添加生长激素等，对消费者健康构成威胁。
3.个别企业违规生产，存在安全隐患
个别企业虽然通过了保健食品良好生产规范的审查，但在实际生产过程中，为了节约生产成本，在生产过程中违反保健食品良好生产规范的要求。此外，保健食品生产委托加工现象普通，但由于委托双方各自所负的责任不够明确或难以界定落实，部分加工的方式增加了保健食品受污染的环节，难以保证产品质量，同时，异地委托加工也加大了保健食品监督难度。还有个别企业不按照批准的配方、工艺组织生产，产品质量无法保证，给产品安全留下了隐患。
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一些保健食品生产经营企业为牟取暴利，利用报刊、电视等媒体的广告大肆夸大产品功效，误导消费者。产品说明书和标签不按批准内容印制，擅自增加保健功能，扩大适用人群，变更食用方法和食用量，甚至故意混淆食品与药品的界限。还有其他食品生产经营企业以新资源食品文号、卫生许可证号、地方批准文号等冒充保健食品生产销售，声称保健功能，甚至夸大声称治疗功能，误导消费者，严重扰乱保健食品市场秩序。
5.非法经营的保健食品屡禁不止
这些产品有的盗用保健食品批准文号，有的冒用保健品标志，有的将普通食品当作保健食品进行宣传，有的生产经营假冒伪劣保健食品，等等，严重扰乱了保健食品市场。有的开展“专家咨询”、“免费检测”、“义诊”等活动，骗取消费者的信任，诱导其购买产品；有的大量散发传单，寄送邀请函，开办讲座等活动，将群众聚集到临时租用的影剧院、体育场馆等公共场所，诱导消费者盲目购买其推销的产品，增加了监管工作的难度。